2.1 ट्रिप्सिन अवरोधक (TIA) — यह पूरे आहार को खराब कर देता है

ट्रिप्सिन पशु का मुख्य प्रोटीन-पाचक एंजाइम है। टीआईए इसकी गतिविधि को दबा देता है, और इसका प्रभाव केवल सोया प्रोटीन तक ही सीमित नहीं है: आहार में मौजूद हर प्रोटीन स्रोत की पाचन क्षमता कम हो जाती है, जिसमें महंगा फिशमील भी शामिल है। अपचित प्रोटीन पश्च आंत में चला जाता है, जहाँ यह सूक्ष्मजीवों द्वारा किण्वन के लिए आधार बनता है और अमोनिया और अमीन उत्पन्न करता है, जो बदले में वृद्धि को धीमा कर देते हैं।

2.2 एंटीजेनिक प्रोटीन (ग्लाइसिनिन और बीटा-कॉन्ग्लिसिनिन) — एक एलर्जी प्रतिक्रिया

ये दो संग्रहित प्रोटीन युवा पशुओं में एलर्जी कारक के रूप में कार्य करते हैं। ये आंतों की उपकला को नुकसान पहुंचाते हैं और ऑक्सीडेटिव तनाव और सूजन को बढ़ाते हैं, जिसके नैदानिक ​​लक्षण दस्त, भोजन सेवन में कमी और विकास में रुकावट के रूप में सामने आते हैं। सूअरों के बच्चों में दूध छुड़ाने के बाद होने वाले अधिकांश "सोयाबीन मील डायरिया" का कारण इन्हीं प्रोटीनों से जुड़ा होता है।

2.3 ओलिगोसैकेराइड (स्टैचियोज़ और रैफिनोज़) — दोनों सिरों पर परेशानी

सूअरों और झींगों में अल्फा-गैलेक्टोसिडेज़ एंजाइम की कमी होती है और वे इन ओलिगोसैकेराइड्स को पचा नहीं पाते, जिससे दो समस्याएं उत्पन्न होती हैं। पहली, ये पश्च आंत तक पहुँचते हैं और बैक्टीरिया द्वारा किण्वित होकर गैस उत्पन्न करते हैं, जिससे दस्त का खतरा बढ़ जाता है। दूसरी, ये छोटी आंत में परासरण प्रभाव उत्पन्न करते हैं, जिससे पानी आंत के भीतर आ जाता है; पचे हुए भोजन में पानी की मात्रा बढ़ जाती है, पाचन की गति तेज हो जाती है और पोषक तत्व अवशोषित होने से पहले ही उत्सर्जित हो जाते हैं, जिससे पाचन क्षमता और भी कम हो जाती है।

सोया लेक्टिन एक और चिंता का विषय है: यह आंतों की विली से बंध जाता है और यांत्रिक क्षति का कारण बनता है, जिससे अवशोषण सतह क्षेत्र कम हो जाता है।